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农村自建房房产证纠纷有多种处理方式。
先尝试协商解决。针对房产证登记错误、产权归属争议等纠纷，当事人双方平等自愿沟通，就争议事项达成一致，签订协议明确权利义务。此方式成本低、效率高，还能避免矛盾激化。
若协商不成，可申请调解。可找村民委员会、乡镇人民政府等组织介入。这些组织熟悉当地情况，会依据法律法规和农村风俗习惯，给出合理调解方案，促使双方和解。
要是调解也不成功，纠纷源于政府部门登记错误、违规发证等具体行政行为时，当事人可向上一级部门申请行政复议，要求撤销或变更错误登记；也能直接向法院提起行政诉讼，由法院审查行政行为合法性。
对于房产产权归属等民事纠纷，可通过民事诉讼解决。当事人收集建房审批文件、出资证明、宅基地使用证等相关证据，向有管辖权的法院起诉，由法院审理并判决。

案情回顾:

小朱和小胡是农村邻居，两人因自建房房产证登记产生纠纷。小朱认为房产证登记错误，自己才是房屋真正产权人，而小胡则坚持登记无误。双方先进行协商，但未能达成一致。之后，他们请求村民委员会调解，也未成功。小朱认为是政府部门登记错误，准备申请行政复议。

案情分析:

1、本案中，小朱和小胡就自建房房产证登记产生争议，先是通过协商、调解解决纠纷，符合法律规定的解决纠纷流程。
2、若小朱认为纠纷源于政府部门登记错误，其申请行政复议或进行行政诉讼的途径是合法的。若因房产产权归属等民事纠纷，还可通过收集建房审批文件、出资证明等证据向法院提起民事诉讼来解决。